Il arrive parfois que le miel se cristallise dans son pot. La propension d'un miel à cristalliser dépend de son origine, mais n'a pas de lien direct avec sa qualité. Si un miel est chauffé à plus de 40 degrés lors de la centrifugation ou de la mise en pots, il cristallise lentement, en cristaux grossiers. Il suffit de chauffer un miel cristallisé au bain-marie (40 °C max.) Surtout pas dans un four à micro-ondes cela lui ferait perdre toutes ses vitamines. Chauffer un miel à une température supérieure à 40 degrés lui fait perdre en qualité.

À l'extraction, le miel est clair et épais. Avec l'entreposage, il peut se figer, car il contient du glucose qui se candit. Plus il contient de glucose, plus il se fige vite (miel de trèfle par exemple). Si le fructose est plus abondant (miel d'acacia entre autres), le miel reste liquide un ou deux ans.

On observe chez les miels contenant très peu d'eau la formation d'une « fleur » à la surface. C'est un phénomène naturel qui ne nuit pas à la qualité.